Antibiyotikler bakteri dediğimiz canlı organizmalara karşı etkilidir. Bunun dışındaki mikroplar özellikle virüslerin neden olduğu enfeksiyonlarda antibiyotik tedavisi kesinlikle etkili değildir. Burada en önemli sorun vücuttaki enfeksiyonun viral mi bakteriyel mi olduğunu anlamaktır.
Çocukluk yaş grubunda yaşanan, çoğunlukla ateşin eşlik ettiği enfeksiyonların nedeni çoğunlukla virüslerdir. Virüsler vücudumuzda çeşitli oranlarda hastalıklara neden olabilir ancak, sıklıkla üst solunum yolu enfeksiyonu, bronşit, zatürre, barsak enfeksiyonu, döküntülü hastalıklara neden olurlar. Hastanın öyküsü, bulunduğu ortamda bulaşıcı olan nedenler, eşlik eden yakınmalar ve muayene sonucunda çoğunlukla nedenin virüs olduğu anlaşılır. Sıklıkla yapılan laboratuvar tetkikleri ve görüntüleme yöntemleri, çoğunlukla gereksizdir. Önemli olan bebeğin iyi değerlendirilmesi ve enfeksiyon süresince anne-babanın olasılıklar konusunda bilgilendirilmesi ve olağan dışı durumlarda doktorun haberdar edilmesidir. Bu koşullarda yakından gözlenen bebeklerde daha az ilaç kullanılacaktır.
Viral enfeksiyonların seyrinde sık olmasa da antibiyotik kullanmayı gerektiren komplikasyonlar olabilir. Özellikle burun tıkanıklığı engellenemeyen çocuklarda sık olarak gelişen orta kulak enfeksiyonu antibiyotik kullanmayı gerektirir. Ancak viral enfeksiyonlarda destekleyici tedavide başarı sağlanabilirse, bu tür komplikasyonların da önüne geçilebilir. Çocukluk döneminde en sık antibiyotik kullanmayı gerektiren diğer önemi bir neden bakteri A gurubu beta hemolitik streptokokların neden olduğu üst solunum yolları enfeksiyonudur. Mutlaka antibiyotik tedavisi gerektirir. Tedavi edilmeyen olgularda eklem ve kalp romatizması gelişebilir.