Kültürel alışkanlıklar, kişisel inançlar sonucunda gelişmiş, besin eksiklikleri teknik olarak bulunmayan ülkelerdeki, yüksek sosyal durumdaki bebekler, çocuklar da yetersiz beslenmeye maruz kalabilirler.
Keçi sütü de alerjik reaksiyonlara, ağır elektrolit bozukluklarına, kansızlığa, enfeksiyonlara yol açabilir. Genellikle inek sütü alerjisi olan bebeklerin keçi sütü allerjisi de vardır. Yapılan testlerde inek sütü alerjisi olanlarda keçi sütü ile ilgili parametreler de anlamlı olarak yüksek bulunmaktadır.
Keçi sütünde anne sütüne kıyasla sodyum (tuz) ve protein miktarı üç kat daha fazladır. İç organların tüm işlevlerini yerine getirmeyi başarması zaman alır. Böbreklerin vücuttaki fazla sodyumu atma işlevini yerine getirmesi ikinci yaşın sonuna kadar tamamlanmaz. Bebeğin vücuduna düzenli olarak, uzun süre boyunca, günlük besin ihtiyacını giderirken istemeden sokulan fazla sodyum ve protein yıkım ürünleri vücut tarafından uzaklaştırılamayıp birikir. Bu süreç ne kadar uzun sürerse ikincil sorunlar o kadar kalıcı hale gelir.
Keçi sütünde anne sütüne kıyasla folik asit miktarı 10 kat daha azdır. Uzun süreli folik asitten eksik beslenmek büyük hücreli (megaloblastik) kansızlığa yol açar. Avrupa’da 1920-30 yıllarında yaygın keçi sütü tüketimi sonrasında sıklıkla ortaya çıkan kansızlığa “Keçi sütü kansızlığı” adı verilmiştir.
Keçi sütü ile toksoplaza, brusella enfeksiyonları yanında pastörize edilmeden kullanıldığında E. Coli enfeksiyonları da bildirilmiştir.
Keçi sütü anne sütünün yerine değil, yanında, katı gıdalara geçiş tamamlandıktan sonra tüketilmesi uygun bir gıdadır. Kısa bir süre Avrupa Birliği ülkelerinde piyasaya sunulan keçi sütü bazında hazırlanmış formül mamalar, bebek beslenmesinde uygun olmadıkları gerekçesi ile bu ülkelerde kullanımdan kaldırılmıştır.