Gebelik sırasında bağışıklık sağlanmasının ayrı bir önemi vardır. Bu durumda karşımızda hastalıktan korumamız gereken anne adayı, bunun yanında hem hastalıktan hem de aşının olası risklerinden korumamız gereken bebek vardır. Gelişim halinde olan bebeğe, annenin aşılanmasının getireceği riskler teoriktir. Inaktif virüs aşıları, bakteri aşıları veya toksoidler ile aşılamanın fetusa ve anne adayına risk yaratmadığı bilinmektedir. Canlı aşıların ise teorik olarak fetusa zarar vereceğine inanılır. Gebelik sırasında anne adayının aşılanması düşünülüyor ise, anne ve yeni doğana aşılamanın getireceği yararın, aşının teorik de olsa yaratacağı ters etkilerden fazla olması gerekir. Genel olarak, canlı virüs aşıları gebelikte yapılmaz. Çünkü teorik olarak aşıdaki canlı virüsün bebeğe geçeceğine inanılır. Eğer canlı virüs aşısı bilinmeden gebe kadına verildi veya kişi aşı olduktan sonraki dört hafta içinde gebe kaldı ise oluşabilecek teorik risklerle ilgili gebeye bilgi vermek gerekir. Ancak bu durumun gebeliğin sonlandırılması için endikasyon teşkil etmediği de unutulmamalıdır.
Aşılama ile annenin ve dolayısıyla fetusun saglıgı korunurken geçen pasif antikorlar sayesinde yenidoğanın ilk altı ayında enfeksiyonlardan korunması saglanır. Aşılama kararı alınırken fetusta doğabilecek potansiyel riskler ve faydalanım iyi tartılmalı ve değerlendirilmelidir.
